Dans un monde semblable au notre, certaines personnes naissent avec un don exceptionnel. Désignés sous le terme "Alice", ils sont pris en charge par le gouvernement dès leur enfance, et regroupés dans une école coupée du monde : l'Académie Alice.
Sans nouvelle de sa meilleure amie depuis quelle a rejoint l'Académie, Mikan Sakura décide de partir la rejoindre. Elle se révélera être une alice non répertoriée et obtiendra à son tour le statut d'élève de l'Académie.
Mais elle découvrira peu à peu les faces cachées de cette institution ...Pourquoi les alices sont-ils mis au secret ? Quel est le véritable but de l'académie ? Et que sont réellement les alices ?